Đối với hàng hóa NK đưa vào, đưa ra khu vực cảng, người khai làm thủ tục hải quan cho lô hàng, trên hệ thống Ecustoms ghi nhận danh sách tờ khai hải quan, danh sách container (hàng hóa chuyên chở bằng container) hoặc danh sách lượng hàng (hàng lỏng, hàng rời) của lô hàng được thông quan, được giải phóng hàng, được đưa về bảo quản, đưa về địa điểm kiểm tra ngoài cửa khẩu, vận chuyển chịu sự giám sát hải quan (gọi tắt là hàng hóa được đưa ra khu vực giám sát hải quan).
Người khai hải quan thực hiện in danh sách container, danh sách lượng hàng có giấy in mã vạch từ các nguồn: Chức năng in trên website hải quan sử dụng tài khoản khai hải quan điện tử của người khai; đề nghị công chức Hải quan giám sát in từ hệ thống Ecustoms.
Người khai hải quan in danh sách container, danh sách lượng hàng có mã vạch, tờ khai hải quan xuất trình cho giám sát hải quan tại cổng cảng (trường hợp hàng hóa đưa ra bằng đường bộ) hoặc công chức văn phòng giám sát (trường hợp đưa ra bằng đường thủy).
Công chức Hải quan sẽ sử dụng máy đọc mực in mã vạchkiểm tra lần lượt từng mã vạch in trên danh sách container, danh sách lượng hàng để kiểm tra các thông tin như: Xác định số tờ khai hải quan, trạng thái tờ khai hải quan (được đưa ra khu vực giám sát hải quan hay không), số hiệu container, số lượng container, lượng hàng.
Nếu kết quả kiểm tra không phù hợp, cơ quan Hải quan sẽ không cho hàng ra khỏi cảng, từ chối xác nhận trên tờ khai hải quan, xác minh làm rõ và xử lý theo quy định (nếu có vi phạm).
Tương tự, giám sát đối với hàng hóa XK đưa vào, đưa ra khu vực cảng cũng được thực hiện bằng cách sử dụng máy đọc mã vạch , giấy in nhiệt để xác định tờ khai hải quan được phép xuất hay không được phép xuất.
